Le Conseil de l’Académie du 6 février 1991 a arrêté un règlement pour l’attribution de la médaille Koyré et du prix des jeunes historiens. Pour la médaille Koyré, sera récompensée une œuvre, plutôt qu’un ouvrage, que l’auteur soit membre ou non de l’Académie ; la proposition sera faite par un membre de l’Académie sous forme d’un rapport écrit ; la désignation du lauréat sera le fait du Conseil de l’Académie, au moyen d’un vote par correspondance, en autant de tours que nécessaire pour parvenir à une désignation du lauréat à la majorité absolue ; les attributions auront lieu tous les deux ans, les années impaires, et la remise des médailles aura lieu lors des assemblées générales de l’Académie. Le prix des jeunes historiens sera attribué les mêmes années que la médaille et remis aux candidats dans les mêmes conditions ; il récompensera un premier ouvrage d’histoire des sciences, la présentation en étant faite soit par un membre de l’Académie sous forme d’un rapport écrit, soit par l’auteur lui-même par l’envoi de son livre à l’Académie ; l’attribution résultera d’un vote du Conseil, à la majorité absolue des membres présents ; le prix sera matérialisé par un diplôme et par un chèque dont le montant dépendra chaque fois des capacités de l’Académie.
1. La médaille Koyré fut décernée aux personnalités suivantes :
1968 − D.T. Whiteside pour les deux premiers volumes de son édition "The Mathematical Papers of Isaac Newton" (Cambridge, 1967-1968).
1971 − A.P. Yushkevich et ses collaborateurs pour l’œuvre en quatre volumes "Histoire des mathématiques de la Nation [en russe]" (Moscou et Kiev, 1964-70); B. Suchodolski et ses collaborateurs pour le livre en deux volumes "Histoire de la science polonaise [en polonais]" (Varsovie, 1970).
1974 − L. Geymonat pour l’œuvre en quatre volumes "Storia del pensiero filosofico e scientifico" (Milan, 1972).
1981 − M. Clagett pour l’œuvre en quatre volumes "Archimedes in the Middle Ages" (Madison, Wisconsin, 1964 et Philadelphia, 1980).
1986 − C.C. Gillispie et ses collaborateurs pour "Dictionary of scientific biography" (New York, 1970-1980).
1989 − J.D. North pour son livre "Chaucer’s Universe" (Oxford, 1988).
1991 − R. Rashed pour l’ensemble de son œuvre.
1993 − W. Shea pour l’ensemble de son œuvre.
1995 − Juan Vernet, Julio Samsó et l’école des historiens en Al-Andalus.
1997 − René Taton pour l’ensemble de son œuvre.
1999 − John Heilbron pour l’ensemble de son œuvre.
2001 − Izabella Bashmakova et Christian Houzel pour l’ensemble de leur œuvre.
2003 − "Storia della scienza", initiée par Vincenzo Cappelletti.
2005 − Guy Beaujouan pour l’ensemble de son œuvre.
2007 − Ekmeleddin Ihsanoglu pour son œuvre consacré à la science ottomane.
2009 − Histoire de l’Agence spatiale européenne, projet dirigé par John Krige et Arturo Russo.
2011 − Brigitte Hoppe pour l’ensemble de son œuvre.
2013 − D. King pour l’ensemble de son œuvre.
2015 − Édition et traduction du livre "De revolutionibus orbium coelestium" de Copernic (M.-P. Lerner, Ph. Segonds, J.-P. Verdet et leurs collaborateurs).
2017 − Robert Fox pour l’ensemble de son œuvre.
2019 − Liu Dun pour pour l’ensemble de son œuvre.
2021 − Christine Phili pour l’ensemble de son œuvre.
2. Le prix des jeunes historiens a été décerné à :
1968 − Serge Demidov pour son mémoire "Diffusion, extension, and limits of the axiomatic method in modern science, after the example of geometry".
1986 − Christoph Meinel pour ses travaux en histoire de la chimie.
1989 − William Newman pour son édition critique de la "Summa perfectionis" d’un Pseudo-Geber (publiée en 1991 dans la Collection de Travaux de l’Académie, n° 35).
1993 − Baudouin Van Den Abeele pour son livre Les traités latins de fauconnerie, publié sous le titre : "La Fauconnerie au Moyen Âge. Connaissance, affaitage et médecine des oiseaux de chasse d'après les traités latins" (Klincksiek, 1994).
1995 − Marco Beretta pour "The enlightenment of matter, the definition of chemistry from Agricola to Lavoisier" (Science History Publications, 1993).
1997 − Marie-Madeleine Saby pour "Les canons de Jean de Lignères sur les tables astronomiques de 1321".
1999 − Andrea Breard pour "Recréation d’un concept mathématique dans la pensée chinoise"; Jean-Pierre Sutto pour son étude sur Maurolyco.
2001 − Antonella Romano pour "La contre-réforme mathématique, constitution et diffusion d’une culture mathématique jésuite à la Renaissance" (Rome, Ecole française de Rome, 1999); Hiroshi Hirai pour "Le concept de semence dans les théories de la matière à la Renaissance, de Marsile Ficin à Pierre Gassendi" (De Diversis Artibus 72).
2003 − Alberto Jori pour "Aristotele" (Milano, 2003).
2007 − Harald Siebert pour ses travaux sur Athanasius Kircher : "Die groe kosmologische Kontroverse. Rekonstruktionsversuche anhand des Itinerarium exstaticum von Athanasius Kircher SJ (1602-1680)" (Franz Steiner Verlag, 2006).
2009 − Bernardo Machado Mota pour "O Estatu da matématica em Portugal nos séculos XVI e XVII".
2011 − Marc Moyon pour son travail sur l’histoire de la mathématique.
2013 − Matteo Martelli pour la publication de l’édition critique des textes alchimiques grecques du Pseudo-Démocrite, y inclus une traduction et un commentaire.
2015 − Sabine Arnaud pour son livre "L’Invention de l’hysterie au temps des lumières".
2017 − Corinna Guerra pour son livre "Lavoisier e Parthenope. Contributo ad una storia della chimica nel Regno di Napoli" (Napoli,2017).
2019 − Orly Lewis pour son livre "Praxagoras of Cos on Arteries, Pulse and Pneuma: Fragments and Interpretation" (Leiden and Boston, 2017).
2021 − Petros Bouras-Vallianatos pour son livre "Innovation in Byzantine Medicine. The Writings of John Zacharias Aktouarios (c. 1275-c. 1330)" (Oxford, 2020); Anna Jerratsch pour son livre "Der Frühneuzeitliche Kometen-Diskurs im Spiegel der deutschsprachigen Flugschriften" (Stuttgart, 2020).